Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Jana Pawła II w Ostródzie prowadzi gospodarkę finansową na zasadach jednostki budżetowej rozliczającej się z budżetem Gminy Miejskiej Ostróda.
Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Jana Pawła II w Ostródzie dysponuje powierzoną w nieodpłatny zarząd nieruchomością przy ul. Rycerskiej 5 oraz przy ul. Piłsudskiego 4, stanowiącą własność komunalną Gminy Miejskiej Ostróda.
Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Jana Pawła II w Ostródzie nie posiada osobowości prawnej, a za jej zobowiązania odpowiada budżet Gminy Miejskiej Ostróda.