Organami Szkoły Podstawowej Nr 3 im. Jana Pawła II w Ostródzie są:
- Dyrektor szkoły
- Rada Pedagogiczna
- Samorząd Uczniowski
- Rada Rodziców
Zadania organów określa Statut Szkoły Podstawowej Nr 3 im. Jana Pawła II w Ostródzie w Ostródzie
Rada Pedagogiczna, Samorząd Uczniowski i Rada Rodziców uchwalają regulaminy swojej działalności, które nie mogą być sprzeczne z przepisami prawa oświatowego i Statutem Szkoły.